Biển Celebes là nơi sinh sống của nhiều loài cá và sinh vật biển khác. Vùng nước nhiệt đới ấm và trong này cho phép tới khoảng 580 trên tổng số 793 loài san hô tạo đá ngầm trên thế giới sinh sống, tạo thành các dải đá ngầm san hô đa dạng sinh học bậc nhất trên thế giới và kèm theo đó là một mảng đầy ấn tượng các sinh vật biển khác, bao gồm cả cá voi và cá heo, rùa biển, cá nạng hải (Manta birostris), cá ó (Myliobatidae), cá nhồng (Sphyraenidae), cá buồm (Istiophoridae) và nhiều loài sinh vật sống gần san hô khác. Cá ngừ và cá ngừ vây vàng cũng rất phổ biến.

Bên cạnh sự phổ biến cao của các loài cá có thể đánh bắt trong biển Celebes, biển này còn sản sinh ra nhiều sản phẩm từ biển khác như rong, tảo biển.